Besonders bemerkenswert ist die frühzeitig entschlossene und nicht ungefährliche Haltung von Prauns gegen die antisemitischen Umtriebe der Faschisten. Davon zeugt sein Schreiben vom 23. März 1934:

"... dem Präsidium des Ev. Luth. Landeskirchenrates in München.

beehre ich mich anliegende Abschrift eines Handzettels der N.S.D.A.P. Kreisleitung vorzulegen, der von Haus zu Haus getragen wird und eine ungeheuere Erregung in weite Kreise trägt. Ich sehe mich verpflichtet, aus der bisherigen kühlen Reserve heauszutreten und um der Wahrhaftigkeit und des Rechtes willen persönlich eine Vorstel(lung) bei Oberst Hoffmann zu erheben. Die Mitmenschen warten darauf, dass einer den Mut aufbringt, gegen diese Demagogie Widerstand zu leisten.

von Praun.
Oberkirchenamtmann."

Diese menschenverachtende Aufforderung, gegen die Friedrich von Praun den Landeskirchenrat zum Widerstand aufruft, lautete:

 "An die NSDAP Kreisleitung Ansbach-Feuchtwangen Ansbach.

Ich gebe hiermit die ehrenwörtliche Erklärung, dass ich von jetzt ab und in alle Zukunft nie mit einem Juden oder einem Helfershelfer von Juden ein Handelsgeschäft irgendwelcher Art abschliessen werde oder durch einen Mittelsmann abschliessen lasse. Ich werde niemals ein jüdisches Geschäft betreten und ich werde auch jeden Juden, der mein Anwesen oder meine Wohnung betreten sollte, wegweisen.

Einen jüdischen Arzt oder einen jüdischen Rechtsanwalt werde ich ebenfalls nicht konsultieren.

Ich werde auch dafür sorgen, dass aus meiner Familie, meiner Verwandtschaft und meinem Bekannt[en]kreise niemand zu einem Juden geht.

Ich bin davon unterrichtet, dass ich Gelegenheit habe, mich in meiner Ortschaft durch Einsicht in ein Verzeichnis davon zu überzeugen, welche Juden und welche jüdischen Geschäfte im Kreis Ansbach-Feuchtwangen existieren.

Ich bin weiter davon unterrichtet, dass ich, falls ich dieses Versprechen nicht halten sollte, oder falls ich versuchen sollte, dasselbe zu umgehen, sofort aus der Partei – SA – aus dem Gemeinderat – aus der NS.-Organisation - ausgeschlossen werde ... und dass ich öffentlich in Wort und Schrift als Ehrenwortbrecher und Lump bezeichnet werden kann... März 1934. (Unterschrift)..."

Schon 1933 kritisierten von Praun und sein früher Weggefährte Wilhelm Freiherr von Pechmann den 'Arierparagraph' in einer Sitzung des Johanniterordens. In der Sitzung von 1934 wandte sich von Praun erneut gegen diesen menschenverachtenden Erlass.  

Von zwei jungen SD-Parteifunktionärinnen denunziert, wurde Friedrich von Praun von der Gestapo verhaftet und während seiner halbjährigen Untersuchungshaft von den Schergen der braunen Diktatur in Einzelhaft geschunden und gefoltert. Selbst sein Bischof Hans Meiser stand ihm nicht bei. Der Prozess, vor dem Sondergericht in Nürnberg begonnen, sollte wegen seiner politischen Bedeutung durch Freisler neu verhandelt werden. Dies hätte von Prauns sicheren Tod bedeutet. Der Urkundsbeamte Justizobersekretär Kustner, Protokollführer des Nürnberger Strafverfahrens, war sich offensichtlich nicht der politischen und menschlichen Tragik seiner Tätigkeit bewusst. Er illustrierte seine Vermerke mit mehreren Kritzeleien. So ist auf der ersten Seite des Protokolls unter anderem eine Karikatur mit relativ kleiner Brille skizziert. Der bis auf die Augenbrauen kahle Schädel deutet darauf hin, dass es sich um ein Konterfei des Angeklagten handelt. Das  Bildnis von Prauns auf mehreren Gedenkmedaillen (teils von Karl Goetz 1875-1950 hergestellt) lässt nämlich darauf schliessen, dass von Praun kurz vor seinem Tod bereits kahlköpfig war.